目前，尚不清楚这项程序的更改是在飞机起飞前还是起飞后。
报道称，转向指令被设置在计算机程序里更印证了调查人员的分析，即他们认为飞机是蓄意偏离，背后涉及违规行为。这也让调查人员更加关注机长与副机长。
据调查人员称，似乎有一个新路径点被加入到计划的飞行航线中。一般情况下，为避免恶劣的天气情况或避让其他航班，空管会要求飞行员走其他路线。但此次马航失联航班的情况却不同，这个新路径点与去往北京的航线相去甚远。
报道称，更改程序的人必须熟悉波音飞机，但不需要一定熟悉波音777，也就是这架失联航班的机型。美国官员和航空专家指出，某个乘客重新设定飞机管理系统的想法比较牵强。
报道指出，标准程序是键入一个5个字母的编码，也就是路径点的名称，这样的编码对于非飞行人士来说是看不懂的。一个普通的飞行计划包含一系列这样的路径点，以目的地机场为结束地点。对于普通航班来说，路径点可以被手动输入或者被计算机载入。
通常，一个飞行员会将路径点输入到一个单独的屏幕上，直到确认无误飞行员才会按下另一个按钮，将路径点移入到飞行计划的真正程序中。实际操作中，一位飞行员也会与另一位飞行员口头确认路径点，才会将其录入到程序中。而在转向过程中，飞机会调整到一个舒服的角度，大约是20度，这样的转向通常不会让乘客察觉到任何异常。
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